БЦ Нептун расположен на наб. Обводного канала - одной из крупных магистралей Петербурга. Также, транспортную доступность обеспечивают Московский и Лиговский проспекты. Ближайшие станции метро - "Обводный канал", "Лиговский проспект", "Пушкинская" и "Звенигородская". Также рядом находится Витебский вокзал. БЦ расположен на берегу Обводного канала, а позади него - Багратионовский сквер и Сад на Пионерской площади.